Depuis le désengagement de l'état, les filières ont du s'organiser pour ne pas laisser les éleveurs seuls face aux sociétés d'équarrissage. Pour maintenir ce service autrefois publique, plusieurs associations ATM (Animaux Trouvés Morts) se sont constituées comme par exemple « l'ATM Ruminant » ou « l'ATM Equidé ». Toutes les ATM se retrouvent actuellement pour renégocier les contrats avec les équarrisseurs. Les discussions devraient aboutir à l’automne 2013.
Chaque ATM dispose de son propre fonctionnement et de son propre mode de financement. L'ATM équin a opté pour une mutualisation au niveau national. Des tarifs ont été négociés avec les sociétés d'équarrissage par grande région en fonction notamment du nombre d'équidés et de la proximité des usines de traitement. L'ATM refacture aux utilisateurs un prix modulé afin de rééquilibrer les écarts de coûts entre les différents secteurs. Sur le principe, les comptes doivent s'équilibrer, mais dans la pratique, l'ATM perd chaque année de l'argent.
En effet, dans les régions où l'ATM facture plus chère que les équarrisseurs, les éleveurs et propriétaires travaillent en direct avec ces derniers, alors que dans les secteurs dans lesquels l'ATM facture moins cher, les utilisateurs travaillent préférentiellement avec elle. Des solutions doivent être rapidement trouvées afin de ne pas mettre en péril cet organisme.
La CR et la FNEPE proposent une cotisation annuelle au prorata des risques basée sur le nombre d'équins détenus, leur âge et leur catégorie de poids. Par ailleurs, il a été demandé qu'au cours des négociations avec les équarrisseurs, la prise en charge des cadavres d'équidés soit impossible en dehors de l'ATM.
